市纪委市监委机关下设15个内设机构。
一、办公室。负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草市纪委市监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关机要保密、后勤管理和服务工作；负责机关、派驻机构及巡察机构财务管理、国有资产管理、房管基建和安全保卫工作；负责机关和派驻机构涉案款物保管；负责纪检监察系统信息化建设工作；负责机关、派驻机构、巡察机构相关干部职工医疗和防疫工作等。
二、组织部（机关党建办）。根据干部管理权限，负责全市纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、制度建设和业务指导；负责市纪委市监委机关、派驻机构和巡察机构干部人事等工作，会同有关方面做好市纪委市监委派驻机构、巡察机构、乡（镇）纪委、监察组领导班子成员的提名、考察、任免等干部人事工作；负责纪检监察系统干部教育培训工作；组织协调市纪委市监委班子民主生活会有关工作；负责离退休人员工作和在职及离退休干部职工中退伍军人的管理等相关工作；协调办理市管干部廉洁自律审查意见回复工作。负责机关党建工作，协调群团组织工作。
三、宣传部（网络舆情中心）。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关新闻事务和有关网络信息工作等；负责市警示教育基地的管理使用。
四、政策法规室（法律咨询中心）。负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究，起草重要文件文稿；负责提出纪检监察法规制度建设规划、计划和立法立规建议；参与起草制定相关法规和规范性文件；负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导、备案审查、清理编撰等。
五、党风政风监督室。负责综合协调贯彻执行党的路线、方针、政策和决议、国家法律法规以及党的政治纪律和政治规矩等情况的监督检查；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调市纪委市监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导纪检监察系统的党风政风监督工作；承担市委党风廉政建设领导小组办公室日常工作等。
六、信访室（检举举报平台中心）。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对市委管理的党的组织和党员、干部以及监察对象涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的信访举报，统一接收市纪委市监委派驻机构和乡（镇）纪委、监察组报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交案件监督管理室；受理党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
七、案件监督管理室（信息技术保障室）。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察工作机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交执纪监督和审查调查室；统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况；负责监督检查、审查调查工作中的信息技术保障工作；组织协调有关部门集中整合、统一管理相关信息，面向全市纪检监察机关，承担特定信息查询、核实等工作；负责市纪委市监委机关电子取证相关装备的使用管理；负责纪检监察机关实施执纪审查措施的报批工作及办案工作点安全保卫、医疗救护的管理和协调工作；承担市委反腐败协调小组办公室日常工作等。
八、案件审理室（申诉复查室）。负责审理市纪委市监委直接审查调查和乡（镇）级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件，监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由市纪委市监委办理的申诉、复核案件；承担市纪委市监委审查调查的有关案件向检察机关移送工作等。
九、第一至六执纪监督和审查调查室。主要履行依纪依法监督的职责以及执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位乡（镇）领导班子及市管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位乡（镇）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促市纪委市监委派驻机构落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”的，按程序提出处置意见；综合协调、指导联系单位乡（镇）及其系统的纪检监察工作；负责统筹协调全市追逃追赃、防逃和反腐败涉外合作相关工作；承担市本级立案调查的外逃职务犯罪嫌疑人的线索核查、立案、调查取证等。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
十、纪检监察干部监督室。负责监督检查全市纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线、方针、政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对市纪委市监委机关、派驻机构和巡察机构干部，乡（镇）纪委、监察组领导班子成员涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。